【Medical Image】MRI结构像自定义脑部ROI-基于FSL_mrview mrtrix 绘制roi

作者：不正经 | 2024-02-17 00:28:08

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mrview mrtrix 绘制roi

1.软件准备

在linux下安装好FLS，安装教程见下方视频。命令行输入FSL打开

选择FSLeyes

2.准备模板

从标准库目录里选择一个想创建的ROI的模板，打开看一下

我这里选择MNI152_2mm的模板，因为1mm的电脑会内存溢出

3.准备坐标点

这里选一个MNI空间下的点，比如我的坐标是(-46,45,38)，这个点对应的像素坐标是(68, 85, 55)，确认这个点所在位置是你想要的位置

4.代码创建三步骤

①画球心：fslmaths $FSLDIR/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz -add 1 -roi 68 1 85 1 55 1 0 1 point2mm_1 -odt float

参数：$FSLDIR/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz 是你想要画的ROI所在空间的模板图

参数：-add 1 是把ROI的灰度值置为1

参数：-roi 68 1 85 1 55 1 0 1 是想要画的ROI的像素坐标，坐标后的1代表这个维度的体素大小，我这里是1*1*1，最后的0和1是默认值

参数：point2mm_1是点的名字

参数：-odt float表示输出的数据类型是float

回车后在当前目录下生成一个nii.gz的点文件，加载显示，就是一个白点

②画球：fslmaths point2mm_1 -kernel sphere 20 -fmean sphere2mm_1 -odt float

参数：point2mm_1 是球心点的文件

参数：-kernel sphere 20 是以上面的点为圆心画一个20mm半径的球

参数：-fmean sphere2mm_1给球体命名

参数：-odt float 数据类型为float

回车后在当前目录下生成一个球体

③获取ROI：fslmaths $FSLDIR/data/standard/MNI152_T1_2mm_brain_mask.nii.gz -mul sphere2mm_1.nii.gz \sphere2mm_1_masked.nii.gz

参数：$FSLDIR/data/standard/MNI152_T1_2mm_brain_mask.nii.gz 所创建的ROI所在模板空间的脑部mask

参数：-mul sphere2mm_1.nii.gz 把模板mask和生成的球体相乘

参数：\sphere2mm_1_masked.nii.gz 保存的文件名

回车生成ROI

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