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搜索化学反应过渡态的输入文件通常需要包含以下几个部分:
反应物和产物的坐标:需要在输入文件中指定反应物和产物的初始结构,一般以坐标文件的形式给出,如xyz格式文件。
动力学参数:输入文件中需要指定所使用的力场和相应的参数,如DFT(密度泛函理论)、Møller-Plesset二阶微扰理论(MP2)或Coupled-Cluster等。
反应路径:需要在输入文件中定义反应路径,一般可以采用连接(connection)或伸展(extension)方法来生成反应路径。
过渡态搜索算法:需要在输入文件中指定所使用的过渡态搜索算法,如NEB(势能面反义路径)或GSM(全局最