安装brew_软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~...

软件安装是生信分析的基础，除了掌握基本的软件安装理论外之后 (Linux - 命令运行监测和软件安装)，就是去下载源码安装或使用包管理工具安装。通常操作都没问题时，软件却怎么都装不上，这一般都是网络问题。所以你需要一个能够快速访问的镜像，下载快还不容易断。

国内的镜像比较全的有清华镜像 (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)和阿里云镜像 (https://developer.aliyun.com/mirror/)。下面以清华镜像为例 (阿里云镜像没有conda)，展示下其操作。

Conda镜像

Conda增加清华的镜像，运行下面的代码 (后添加的通道优先级更高)

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/mainconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/rconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/proconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

或直接把下面文字拷贝到 ~/.condarc中 (越靠前的优先级越高)

channels:  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

Python包管理工具 pip镜像

可以每次安装时加-i参数 (或使用alias命令)。

注意，simple不能少,  是https而不是 http。

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package

升级 pip 到最新的版本 (>=10.0.0) 后进行永久配置：

pip install pip -Upip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

R包安装镜像

CRAN和Bioconductor的镜像

安装前现运行这几句话，或把这几句话放在~/.Rprofile或~/.Profile.site文件下 (Windows里面的路径是C:\Program Files\R\R-3.6.1\etc)。

local({r r["CRAN"] options(repos=r)})options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

自动安装包

# 安装BiocManagerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))  install.packages("BiocManager")# 获取已安装包a = rownames(installed.packages())install_package # 判断包是否存在，不存在则安装for (i in install_package) {  if (!i %in% a)    BiocManager::install(i, update = F)}

如果是Github的包安装起来比较慢，可以考虑在码云(https://gitee.com/)注册个账户，把`Github`的库先克隆到码云 (点击几下就可以实现，码云的服务器访问Github还是很快的)，然后再下载到本地安装即可。

HomeBrew

Mac下默认的不少Linux命令如awk, sed，cat等与Linux下使用方式有些差别，通常需要安装GNU系列的对应命令来统一代码操作。可以通过brew安装，但brew update过程默认是极其的慢，也需要改一下镜像。

安装Brew

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

配置镜像

# brew 程序本身，Homebrew/Linuxbrew 相同git -C "$(brew --repo)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/brew.git# 索引的镜像# 以下针对 mac OS 系统上的 Homebrewgit -C "$(brew --repo homebrew/core)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-core.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask-fonts)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-fonts.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask-drivers)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-drivers.git# 更换后测试工作是否正常brew update# 软件包的镜像echo 'export HOMEBREW_BOTTLE_DOMAIN=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/homebrew-bottles' >> ~/.bash_profilesource ~/.bash_profile

安装相应的gnu系列工具

#brew install bashbrew install coreutilsbrew install gawkbrew install gnu-sed

其它镜像

还有其它镜像，如Perl的CPAN，Linux操作系统安装包，Linux操作系统自带包管理工具(yum/apt)的源，Docker镜像等。

软件安装参考

• PATH和path，傻傻分不清

• 你的包佩奇了吗？试试新版Rstudio，自动提醒缺失包！

• Linux - Conda软件安装方法

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

• Linux - 应用Docker安装软件  

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