Pymol随记_pymol调整二级结构颜色

点吧点吧

氨基酸，碱基，元素的增删改

使用内置的Builder插件即可。

实战注意事项：在添加氨基酸的时候，如果C末端残基是以OXT结尾的氨基酸，就无法添加，应该把OXT去掉或者采取其他方案。

窗口拆分和合并

在Display->Toggle Floating 可以拆分这2个窗口，快捷键是Ctrl+E,

设置和查看工作路径

点击1.1菜单窗口 File->Working Directory->Change 可以查看现在的工作目录在哪里，也可以设置新的路径作为工作目录。

下载蛋白

从PDB网站上下载蛋白，如 4hbk.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白，点击菜单栏中的 File->Get PDB,如下图图所示, 在PDB ID 对应的框中填入PDB的编号就可以了，不要包含后缀.pdb

下面对Show 着重讲解： show 有2类操作方法：

• show as 分别点击S->as->cartoon 和S->as->stick,

我们可以观察到AS模式是把原有的渲染模式抹除后再重新渲染，经过上述操作后仅仅显示stick形式

• show 点击S->as->cartoon 再点击S->stick;

我们可以观察到SHOW方法，是保留原有的渲染，再添加新的渲染。

蛋白对象的action操作

• 点击 A->preset->b-factor putty 基于bfactor数值显示蛋白的柔性
• 点击 A->preset->publication 高质量出版标准

第四部分 Action->generate 操作

• 显示蛋白的静电势图 Action->generate->vacuum_electrostatics->protein contact potential 就可以了

对象的Label操作

添加label

调整配体的位置

pymol中包含配体和蛋白，如何调整配体和蛋白的相对位置。

命令相关

下载蛋白(fetch)

fetch 命令可以根据PDB ID编号下载蛋白结构到工作路径，并载入到PyMOL中显示,在PyMOL中的object的名字默认是PDB ID,可通过name参数进行修改。 从PyMOL 1.8开始，默认的格式是cif,可通过type参数修改文件的格式，也支持根据配体ligand ID的编号下载小分子。

示例:

1. fetch 6FYZ # 下载编号是6FYZ的蛋白，文件格式是cif。
2. fetch EBE # 下载编号是EBE的配体小分子，文件格式是cif。
3. fetch 6MVD,name=”test”,type=pdb # 下载文件格式为pdb的6MVD的蛋白，载入PyMOL中设置名字为test.

type后面的参数不是字符串，不能加引号

type 支持的文件格式有：

type = cif|mmtf|pdb|pdb1|2fofc|fofc|emd|cid|sid|cc

载入amber轨迹文件 load

这里我以rst7文件为例

pymol 支持amber的trj（rst7） 格式和top格式 。

load  in.prmtop,mol

load  in.rst7,mol

实战：

load 6z5r_wm5_final_U2H.prmtop,mmm

load_traj 6z5r_wm5_final_U2H.inpcrd,mmm,format=rst7

设置背景颜色（bg_color）

设置背景颜色为白色：

bg_color white

设置surface的颜色（cartoon_color）

设置surface的颜色为red

set surface_color,red

注解

注意颜色是有优先级的，默认设置的是atom的颜色，如果没有设置surface的颜色，则继承atom的颜色

体验下

set surface_color,red

color blue

unset surface_color

设置surface的大小（solvent_radius）

设置surface的大小，把surface设置细一点

set solvent_radius, 1.6

set solvent_radius, 0.8

绘制蛋白截面图clip

需要ray后才能看到截面的效果。

as surface

clip near,-10

ray

注解

为了获得想要的效果，多次尝试clip的数值。 也可以通过滚动数据获得切面

设置截面的颜色

set ray_interior_color, grey

set ray_interior_color, grey,obj01

开关单双键模式 valence

set valence,1 开启双键模式。

set valence,0 关闭双键模式。

示例

fetch BUH

set valence,1

set valence,0

效果如下：

开启球棍模型ball-stick

set stick_ball,1

set stick_ball_ratio,1.7

as stick

效果如下图所示：

开启球棍模型ball-stick

点击 Action -> preset -> ball and stick

效果如下图所示：

设置相互作用的样式

1. 怎么像这样把相互作用的线调粗？

set dash_radius, 0.3

1. 把虚线变成实线？

set dash_gap,0

1. 设置实线区域的长度

set dash_length, 0.8

保存图片（png)

png filename.png 可以使用该命令进行快捷保存图片

高清图片（ray）

制作高清图片， 制作完图片后输入ray命令，然后保存图片。

保存蛋白序列

save xxx.fasta,xxx

复制pymol 中特定的序列

fetch 4bhk

save 1.fasta, 4bhk and chain A and resi 200-210

设置两个光源 two_sided_lighting

set two_sided_lighting,1

当蛋白表面有破损的时候，ray的时候可能会出现黑洞现象，如下图所示。

使用上述命令，设置两个光源就可以消除黑洞现象。

设置label的小数位数

默认距离和角度是1位，通过下面命令可以修改，显示的位数。

set label_digits,2

set label_distance_digits,2

set label_dihedral_digits,2

set label_angle_digits, 2

设置label的字体大小

label字体的默认大小是14pt, 单位是pt。

set label_size,20

除了使用pt单位，也可以使用Angstrom 单位，如设置字体大小为 1.2 Angstrom。

set label_size,-1.2

删除object

delete objectName

delete all

保存object

cmd.save(filename[, selection[, state[, format]]])

save file [,(selection) [,state [,format]] ]

PyMOL>save 01.pdb, ONLYprotein,

Save: wrote “01.pdb”.

PyMOL>cmd.save(“0.pdb”,”ONLYprotein”)

掩藏object-disable

disable objectName

掩藏representation

hide stick hide cartoon

蛋白的展现形式(show,as)

命令如下:

as cartoon

show cartoon,objectname

as stick,all

as stick,objectname

as stick,selection express

as stick,resn arg

设置双键的显示形式 valence

set valence, 0  #关闭双键显示

set valence, 1  #开启双键显示

设置stick的粗细

set stick_radius, 0.12

设置小球的大小 sphere_scale

set sphere_scale,0.5

重新计算二级结构(dss)

dss

选择中的关键词和缩略

1. organic org. Non-polymer organic compounds (e.g. ligands, buffers)
2. inorganic ino. Non-polymer inorganic atoms/ions
3. solvent sol. Water molecules
4. polymer pol. Protein or Nucleic Acid
5. polymer.protein Protein (New in PyMOL 2.1)
6. polymer.nucleic Nucleic Acid (New in PyMOL 2.1)
7. guide Protein CA and nucleic acid C4*/C4’
8. hetatm Atoms loaded from PDB HETATM records
9. hydrogens h. Hydrogen atoms
10. backbone bb. Polymer backbone atoms (new in PyMOL 1.6.1)
11. sidechain sc. Polymer non-backbone atoms (new in PyMOL 1.6.1)
12. metals Metal atoms (new in PyMOL 1.6.1)
13. donors don. Hydrogen bond donor atoms
14. acceptors acc. Hydrogen bond acceptor atoms

cartoon 模式

pymol 中内置了10种cartoon 模式：

1. skip (-1) 不显示
2. automatic (0) (use ss property) 默认模式
3. loop (1)
4. rectangle (2)
5. oval (3)
6. tube (4)
7. arrow (5)
8. dumbbell (6) (see also cartoon_fancy_helices)
9. putty (7) (b-factor scaling)
10. dash (8) (new in PyMOL 1.8.2)

在命令行窗口输入下面的命令对各种模式进行感受。

cartoon loop cartoon tube cartoon putty

cartoon helix 模式

在cartoon automaic 模式下 pymol 中内置了3种cartoon helix模式：

1. 默认default模式
2. Fancy Helices 模式 两端是尖尖
3. Cylindrical Helices 模式 圆柱体

开启 Fancy 模式

set cartoon_fancy_helices, 1

开启 cylindrcal 模式

set cartoon_cylindrical_helices, 1

设置圆柱的粗细：

set cartoon_helix_radius,0.9

set cartoon_helix_radius,2.5

启用默认 default 模式

set cartoon_fancy_helices, 0

set cartoon_cylindrical_helices, 0

定义fancy 和default模式下的α-helix

命令：

set cartoon_oval_length , 0.8 # default is 1.20

set cartoon_oval_width , 0.2  # default is 0.25

着色(color)

color red,object name

选择，残基(select)

选择所有的碳原子： select catoms, elem C

选择蛋白：select protein, (byres polymer & name CA)

选择核酸： select nucleic, (byres polymer & name P)

选择RNA: select rna, (byres polymer & name O2’)

选择DNA: select dna, (nucleic & !rna)

实战：

select L,(chain L and polymer)

删除配体分子5A以外的水分子

remove resn hoh and (resi 307 gap 5)

叠合两个object(super)

参考： Super - PyMOLWiki

自动进行全局叠合

super 会把两个object进行叠合，和align的区别主要是

1. super 主要是基于结构进行叠合；
2. align 主要是基于序列进行叠合。

当两个蛋白的序列相似度较低的时候，使用super叠合的效果比align叠合的效果好。

super p1, p2

指定叠合部分

super p1 & alt A+'', p2 & alt B+''

实战

super obj03  & resi 2-191 & chain K, obj04  & resi 2-191 & chain C

注：在PyMOL中，还有多种结构叠合的方法，可通过“cealign”、“align”、“super”、“pairfit”、“fit”等命令实现。常用的就是align和super

设置二级结构的颜色

PyMOL中内置了3种二级结构着色策略。

helix       sheet   loop

red         yellow  green   （策略1）

cyan        magenta         salmon （策略2）

cyan        red     magenta     （策略3）

除了上述内置的着色策略，我们还可以自定义二级结构的颜色。

方法一：

选定二级结构对应的氨基酸残基，然后设置颜色。

方法二（推荐）：

color red, ss h

color yellow, ss s

color green, ss l+''

推荐一套配色策略，感觉比内置的好看一点。（实测不好看）

PyMOL>color yellow,ss s

PyMOL>color grey,ss l+''

PyMOL>color teal,ss h

命令行设置不同的光照模式

鼠标模式点击 Plugin->light settings进行设置。

命令行模式

set ambient,0.4

set reflect,0.5

设置颜色 (set xx_color)

设置背景颜色

bg_color white