代谢组数据分析五：溯源分析

MetOrigin Analysis {#MetOriginAnalysis}

微生物群及其代谢产物与人类健康和疾病密切相关。然而，理解微生物组和代谢物之间复杂的相互作用是具有挑战性的。

在研究肠道代谢物时，代谢物的来源是一个无法避免的问题即代谢物到底是来自肠道微生物的代谢还是宿主本身代谢产生的。2022年Yu, Gang et.al.发表的[@yu2022metorigin]提供了一个可以区分为微生物还是宿主代谢物的工具。

该工具的核心是一个人工检验过具有微生物和宿主等标签的代谢物数据库。

• 微生物独有的代谢物

• 宿主独有代谢物

• 两者都可以代谢的代谢物

• 其他类型（未知）

该工具没有提供R版本，需要到其网站使用。本教程只提供如何准备网站所需的输入文件。

加载R包

knitr::opts_chunk$set(message = FALSE, warning = FALSE)
library(tidyverse)


# rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
options(future.globals.maxSize = 1000 * 1024^2)

grp_names <- c("None", "Mild", "Moderate", "Severe")
grp_colors <- c("#7DD06F", "#844081", "#688EC1", "#C17E73")
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10