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全面解读MinION纳米孔测序技术及应用
link:https://www.seqchina.cn/467.html 【测序中国】
paper:The Oxford Nanopore MinION: delivery of nanopore sequencing to the genomics community
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27887629/
纳米孔测序技术是近几年兴起的新一代测序技术。目前测序长度可达150kb。这项技术始于90年代,经历三个主要技术革新:一、单分子DNA从纳米孔通过;二、纳米孔上的酶对测序分子在单核苷酸精度的控制;三、单核苷酸的测序精度控制。目前市场广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司的MinION纳米孔测序仪。它的特点是单分子测序,测序读长长(超过150kb),测序速度快,测序数据实时监控,机器方便携带等。本综述重点总结MinION测序仪的技术特点和应用领域。
MinION纳米孔测序仪的核心是一个有2048个纳米孔,分成512组,由专用集成电路控制的flow cell。测序原理见图1a所示:首先,将双分子DNA连接lead adaptor(蓝色),hairpin adaptor(红色)和trailing adaptor(棕色);当测序开始,lead adaptor带领测序分子进入由酶控制的纳米孔,lead adaptor后是template read(即待测序的DNA分子)通过纳米孔,hairpin adaptor的作用是DNA 双链测序的保证,然后complement read(待测序分子的互补链)通过纳米孔,最后trailing adaptor通过。在上述测序方法中,template read和complement read依次通过纳米孔,利用pairwise alignment,它们组合成2D read;而在另一种测序方法中,不使用hairpin adaptor,只测template read,最终形成1D read。后一种通量更高,但测序准确性低于2D read。每个接头序列(adaptor)通过纳米孔引起的电流变化不同(图1c),这种差别可以用来做碱基识别。
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