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最近用到了整理一下,欢迎指正
以心脏CT为例,对升主动脉,左心房,左心室区域进行标记
3D Slicer 下载地址
Download 3D Slicer | 3D Slicerhttps://download.slicer.org/
选择需要标注的序列后载
加载完毕如下图所示
如果自己没有CT数据,可以使用软件提供的数据。
接下来以软件提供的示例数据进行演示
1,No eidting:不编辑(鼠标);
2,Threshold:阈值;
3,Paint:喷笔,绘制区域
4,Draw:画笔,绘制轮廓
5,Erase:橡皮;
6,Level tracing:将均匀强度区域添加到选定线段(Hu值跟踪)。
7,Grow from seeds:区域生长;
8,Fill between slices:在选定切片上创建完整的分割;
9,Margin:按指定的边距大小扩大或缩小所选线段。
10,Hollow:将选定的管段替换为由管段边界定义的厚度均匀的壳,使其变为空心管段。
11,Smoothing:平滑,该效果可以局部应用,也可以应用于整个片段。
12,Scissors:裁剪
13,Islands:
14,Logical operators:逻辑计算
15,Mask volume:Mask体积
①,阈值按钮位置
②③,阈值范围 (下放滚动条可以滑动修改)
④,应用于标签(后续根据需要标注)
⑤,直接生成(阈值范围内均被标注)
⑥,可编辑区域
①,喷笔按钮位置
②,笔迹直径选择按钮
③,笔迹直径滚动条调节
④,是否使用三维球型画笔(默认二维圆形)
⑤,是否在3D视图上喷涂
⑥,可编辑区域
橡皮操作与喷笔类似
①,区域生长按钮位置
②,初始化(区域增长)
③,取消
④,应用
①,裁剪按钮位置
②,擦除区域内/区域外
③,形状选择:任意形状/圆形/矩形
④,鼠标初始位置为圆形/矩形中心
⑤,编辑区域
⑥,应用于所有可见标签,勾选后所有可见标签一同切割
①,需要先选取被操作掩膜(图中未标记)
②,逻辑操作按钮位置
③,逻辑操作选项(常用到前三个:复制/相加/相减)
④,应用区域
⑤,应用
①,选中Segment1,阈值操作
②,上限拉到最高,调整阈值下限;
使升主动脉腔体、左心房和左心室和内无明显空隙,且组织间分隔明显。
③ ,点击Use for masking
④,点击Add,添加4个Mask(第四个掩膜用于区分其他组织,可用于精细分割组织间边界)
⑤,点击左侧Segment,使用喷笔涂抹相应组织区域(大致涂抹即可,重点在于组织分界处)
①,点击区域生长
②,点击‘初始化’按钮进行计算,待计算粗略完成后,使用喷笔对错误区域进行修改,左侧‘Auto-update’勾选状态下会自动更新标签
③,点击Apply保留结果
①,单击Show 3D可以在3D视窗中看到大致分离结果,本例中Segment2,3,4依次为升主动脉腔体、左心房和左心室区域,Segment5为骨骼和心脏其他组织。
②,将Segment5隐去(选中后单击左侧小眼睛改为关闭状态)
①, Ctril+S
②,点击’打包‘图形
③,更改名称
④,选择保存目录
⑤,点击保存
该格式一般用于模型训练
点击Data,右键该序列,点击’Export to file‘
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