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Slicer将所有加载的数据存储在一个称为“场景”的数据仓库中(或称为Slicer场景或MRML场景)。场景中的每个数据集,如图像体积、表面模型或点集,都以“节点”的形式表示。
Slicer提供了大量的“模块”,每个模块实现了一组特定的功能,用于在场景中创建或操作数据。模块通常不直接相互作用:它们只是操作场景中的数据节点。Slicer包含超过100个内置模块,可以通过使用扩展管理器安装额外的模块。
该面板(默认位于应用程序主窗口的左侧)显示当前模块提供给用户的所有选项和功能。可以使用模块选择工具栏选择当前模块。
数据探针位于模块面板的底部。它显示了鼠标指针所在位置的视图内容信息:
切片视图信息(鼠标位于切片视图上时显示):
体绘制信息:三行,体绘制每一层一行
分割信息:对于在该位置可见的每个分割
Slicer以各种视图显示数据。用户可以在多种预定义布局中进行选择,这些布局可能包含切片视图、3D视图、图表和表格视图。
布局工具栏提供了许多对于各种类型的研究有用的布局下拉菜单。当Slicer正常退出时,将保存所选布局,并在下次启动应用程序时恢复。
工具栏提供快速访问常用功能的途径。可以使用菜单:查看/工具栏部分显示/隐藏单个工具栏面板。
该面板可能显示应用程序状态,如当前进行中的操作。点击小X图标会显示错误日志窗口。
Slicer中可用的数据可以在数据模块中查看,该模块可以在工具栏或模块列表中找到。更多关于模块的详细信息可以在Slicer wiki上找到。
数据模块的默认主题层次结构标签可以以树层次结构显示数据集,按照DICOM中典型的病人/研究/系列或任何其他文件夹结构排列:
主题层次结构视图包含许多内置函数,适用于所有类型的数据。这些功能可以通过在树中右键点击节点访问。每种数据类型的操作列表不同,因此探索选项很有用。
医学成像数据以各种形式和表示出现,这可能会使刚进入该领域的人感到困惑。下图简要概述了使用Slicer时遇到的最典型的数据类型,特别是在涉及分割的工作流程中。
数据模块的主题层次结构标签显示场景中的所有数据集。点击“眼睛”图标在所有视图中显示/隐藏项目。将项目拖放到视图中以在该视图中显示它。
可以使用Ctrl+左键点击或Shift+左键点击在主题层次结构树中选择多个项目,并一次性将它们拖放到选定的视图中。如果同时将两个体积拖放到一个视图中,则它们将同时显示,混合在一起。
如果一个视图仅在选定视图中显示,您可以右键点击项目并选择“在所有视图中显示”以快速在所有视图中显示。
如果为切片视图启用了视图链接,则将体积拖到任何视图中都会在该组的所有视图中显示该体积。
通过右键点击树中显示列的眼睛图标可以调整显示选项。请注意,这些选项与在树中右键点击“节点”或“变换”列时提供的选项不同。
对于体绘制,显示选项包括:
在任何切片视图或3D视图中按住Shift键同时移动鼠标将使十字线移动到所有视图中的选定位置。默认情况下,当在任何视图中移动十字线时,所有切片视图都会滚动到鼠标索引的相同RAS位置。当检查时,此功能很有用。
要显示/隐藏十字线位置,请点击十字线图标。
要自定义十字线的行为和外观,请点击十字线图标右侧的“下箭头”按钮。
Slicer有多种鼠标模式:变换(允许交互式旋转、平移和缩放操作)、窗口/层次(用于调整图像体积的亮度/对比度)和放置(允许在切片和3D视图中交互式放置对象)。
上述切换这些鼠标模式的工具栏图标分别从左到右显示。放置点列表是默认的放置选项,如上所示;从放置模式下拉菜单中也可选择放置其他节点的选项,如标尺和感兴趣区域小部件。
注意:变换模式是默认的交互模式。默认情况下,在选择放置模式图标后,放置模式会持续一个“放置”操作,然后模式切换回变换。通过选中持久复选框,可以使放置模式持久(对于放置多个控制点很有用)。
医学图像通常包含数千个灰度级,但常规计算机显示器只能显示256个灰度级,人眼在可以注意到的最小对比度差异方面也有限制(更具体的信息见Kimpe 2007)。因此,医学图像以可调的亮度/对比度(窗口/层次)显示。
默认情况下,3D Slicer使用DICOM文件中指定的窗口/层次设置。如果不可用,则窗口/层次设置为包含图像的整个强度范围(除了顶部/底部的0.1%,使用百分位数计算,以免让强度分布的非常薄的尾巴过多地降低图像对比度)。
可以随时通过点击工具栏上的“调整窗口/层次”按钮然后在任何切片查看器中左键点击并拖动来手动调整窗口/层次。可以通过按住Ctrl键进行左键点击并拖动来为选定区域计算最佳窗口/层次。
体积模块的显示部分提供了窗口/层次的额外选项、预设、强度直方图、自动调整。预设也在切片视图的上下文菜单中可用。您可以使用上下文菜单或使用Ctrl + 左键双击切片视图来重置为自动计算的窗口/层次设置。
显示场景的渲染3D视图,以及指定方向和比例的视觉参考。
默认方向轴:A = 前,P = 后,R = 右,L = 左,S = 上,I = 下。
3D视图控制:任何3D视图上的蓝色条显示左侧有一个图钉图标。当鼠标滚动到这个图标上时,会显示一个用于配置3D视图的面板。当鼠标移开时,面板会隐藏。要使此面板持久显示,只需点击图钉图标。更多选项,点击双箭头图标(显示所有选项)。
软件提供了三种默认的切片视图(带有红色、黄色和绿色条),可以在其中显示轴向、矢状、冠状或斜视的2D体积图像切片。额外的通用切片视图有一个灰色的条和它们左上角的标识编号。
切片视图控制:任何切片视图上的彩色条左侧显示一个图钉图标(显示视图控制)。当鼠标滚动到此图标上时,会显示一个用于配置切片视图的面板。鼠标移开时面板会隐藏。要持久显示此面板,只需点击图钉图标。更多选项,请点击双箭头图标(显示所有选项)。
视图控制器模块提供了在模块面板中显示这些控制器的另一种方式。
重置视野(小方块):将切片中心对准当前背景体积
在3D视图中显示“眼睛”按钮位于顶行,可以在3D视图中显示当前切片。按钮的下拉菜单包含自定义此切片渲染方式的高级选项:“…匹配体积”意味着属性来自完整体积,而“…匹配2D”意味着属性复制自当前切片视图(例如,复制缩放和平移位置)。通常这些差异是微妙的,设置可以保留为默认。
切片方向:显示允许您为此切片视图选择方向。
灯箱选择:马赛克(即联系表)视图。并非所有操作都在此模式下工作,将来可能会删除此模式。
重构:允许交互式操作切片方向。
切片偏移滑块允许通过体积进行切片。步长默认设置为背景体积的间距,但可以通过点击“间距和视野”按钮进行修改。偏移值旁边的标签(例如,S, L, A, IL, IRP)反映了切片的正常方向。如果偏移滑块向右移动,则切片沿这个正常方向移动。如果切片的正常方向与轴不对齐,则标签包含方向的组合,轴的顺序反映了轴的主导性。例如,如果平面法线指向前方并稍微向左,则标签为AL,而如果平面法线主要向左并稍微向前,则标签为LA。
混合模式:指定前景和背景层如何混合。
间距和视野间距:定义了切片偏移滑块的增量。视野设置了切片的缩放级别。
旋转到体积平面更改切片的方向以匹配显示体积的最近采集方向。
方向标记:控制在右下角显示人形、立方体等。
尺子:控制切片视图中尺子的显示。
视图链接按钮:同步同一视图组中视图的属性,如前景/背景/标签体积选择、前景/标签体积不透明度、缩放因子。
对于平行视图(即设置为相同方向,例如轴向),视图中心位置也同步。
长按按钮暴露热链接选项,控制何时同步属性(立即或释放鼠标按钮时)。
一个视图组通常由3个正交视图组成(例如,在四分视图中,R, G, Y视图在同一组中)。在包含多个切片视图三重奏的布局中,每个三重奏形成一个单独的组(例如,在三叠三布局中有两个视图组,一组是R, G, Y,另一组是R+, G+, Y+)。
层可见性:“眼睛”按钮和层不透明度旋钮控制切片视图中分割和体积的可见性。
前景体积:不透明度滑块允许在前景和背景体积之间淡入淡出。
插值:允许无插值显示体素值。建议保持插值启用,并且仅在测试和故障排除时禁用。
节点选择器:用于选择在此切片视图中显示哪些背景、前景和标签图体积以及分割。注意:可以在切片视图中显示多个分割,但切片视图控制仅允许调整当前选定的分割节点的可见性。
快捷键 | 操作 |
---|---|
Ctrl + f | 按名称查找模块(按Enter 键选择) |
Ctrl + o | 从文件中添加数据 |
Ctrl + s | 将数据保存到文件中 |
Ctrl + w | 关闭场景 |
Ctrl + 0 | 显示错误日志 |
Ctrl + 1 | 显示应用帮助 |
Ctrl + 2 | 显示应用设置 |
Ctrl + 3 / Ctrl + ` | 显示/隐藏Python控制台 |
Ctrl + 4 | 显示扩展管理器 |
Ctrl + 5 | 显示/隐藏模块面板 |
Ctrl + h | 打开默认启动模块(在应用设置中可配置) |
当切片视图处于活动状态时,可用以下快捷键。要激活视图,点击视图内部:如果你不想在视图中更改任何内容,只需激活它然后进行右键点击
而不移动鼠标。请注意,仅将鼠标悬停在切片视图上并不会激活视图。
快捷键 | 操作 |
---|---|
右键点击 + 上/下拖动 | 放大/缩小图像(Alt 键可选,放置点时有用) |
Ctrl + 鼠标滚轮 | 放大/缩小图像 |
中键点击 + 拖动 | 平移(移动)视图(Alt 键可选,放置点时有用) |
Shift + 左键点击 + 拖动 | 平移(移动)视图(Alt 键可选,放置点时有用) |
左箭头 / 右箭头 | 移动到上一个/下一个切片 |
b / f | 移动到上一个/下一个切片 |
Shift + 鼠标移动 | 在所有视图中移动十字线 |
Ctrl + Alt + 左键点击 + 拖动 | 旋转其他视图的切片交叉点(需要在十字线选择 工具栏中启用切片交叉 ) |
v | 切换3D视图中的切片可见性 |
r | 重置缩放和平移至默认值 |
g | 切换分割或标签体积可见性 |
t | 切换前景体积可见性 |
[ / ] | 使用上一个/下一个体积作为背景 |
{ / } | 使用上一个/下一个体积作为前景 |
左键双击 | 最大化视图/恢复视图布局 |
当3D视图处于活动状态时,可用以下快捷键。要激活视图,点击视图内部:如果你不想在视图中更改任何内容,只需激活它然后进行右键点击
而不移动鼠标。请注意,仅将鼠标悬停在切片视图上并不会激活视图。
快捷键 | 操作 |
---|---|
Shift + 鼠标移动 | 在所有视图中移动十字线 |
左键点击 + 拖动 | 旋转视图(Alt 键可选,放置点时有用) |
左箭头 / 右箭头 | 旋转视图 |
上箭头 / 下箭头 | 旋转视图 |
End 或小键盘1 | 旋转以从前方查看 |
Shift + End 或Shift + 小键盘1 | 旋转以从后方查看 |
Page Down 或小键盘3 | 旋转以从左侧查看 |
Shift + Page Down 或Shift + 小键盘3 | 旋转以从右侧查看 |
Home 或小键盘7 | 旋转以从上方查看 |
Shift + Home 或Shift + 小键盘7 | 旋转以从下方查看 |
右键点击 + 上/下拖动 | 放大/缩小视图(Alt 键可选,放置点时有用) |
Ctrl + 鼠标滚轮 | 放大/缩小视图 |
Ctrl + b | 切换倾斜锁定 |
+ / - | 放大/缩小视图 |
中键点击 + 拖动 | 平移(移动)视图(Alt 键可选,放置点时有用) |
Shift + 左键点击 + 拖动 | 平移(移动)视图(Alt 键可选,放置点时有用) |
Shift + 左箭头 / Shift + 右箭头 | 平移(移动)视图 |
Shift + 上箭头 / Shift + 下箭头 | 平移(移动)视图 |
Shift + 小键盘2 / Shift + 小键盘4 | 平移(移动)视图 |
Shift + 小键盘6 / Shift + 小键盘8 | 平移(移动)视图 |
小键盘0 或Insert | 重置缩放和平移,旋转至最近的标准视图 |
左键双击 | 最大化视图/恢复视图布局 |
注意: 如果你的设备不支持某些快捷键的模拟:
- 单按钮鼠标:代替
右键点击
使用Ctrl
+点击
- 触摸板:代替
右键点击
使用两指点击
在Python控制台中可用以下快捷键。
快捷键 | 操作 |
---|---|
Tab | 自动补全 |
上箭头 / 下箭头 | 命令历史 |
Esc | 清除选择,返回当前命令行,清除当前命令行 |
Ctrl + g | 从文件运行Python脚本 |
Ctrl + v | 粘贴剪贴板中的Python脚本并运行 |
请注意,当代码粘贴到空行中时,剪贴板中的所有代码会立即执行。如果当前命令行不为空,则剪贴板中的代码被粘贴到控制台并逐行执行。逐行执行代码时,行为不同,空输入行会立即关闭当前块,并在执行每行后打印输出。
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