GEO数据库的使用（一）

1、GEO数据库介绍
GEO全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。创建于2000年，收录世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。
GEO上有四类数据GSM, GSE, GDS, GPL
1.GSM是单个样本的实验数据
2.GDS是人工整理好的关于某个话题的GSM的集合，一个GDS中的GSM的平台是一样的
3.GSE是一个实验项目中的多个芯片实验，可能使用多个平台
4.GPL是芯片的平台，如Affymetrix， Aglent等

网址入口：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo

2、GEO数据下载
例如：我想找胃癌相关的疾病资料、研究文献，那么可以直接搜索gastric carcinoma

若只想关注人相关的研究，在右方选择——如图：

GEO2R是自带在线分析工具：

定义分组：下拉分别创建两个分组：T（肿瘤组）、C（对照组）


对样本进行分组：选择后点击T或C即可

这里我们只保存了前250个基因

前250个基因如下，点击保存


将以上结果粘贴保存在TXT中，然后用EXCEL打开，如下
这样我们就可以根据自己需求对其进行分析处理

此外，这里还提供了芯片质量控制的线箱图如下所示

还提供了R代码，这些代码修改后还可以供以后分析时使用