系统发育树的美化~Figtree（图文教程）

前言

figtree是一款用于进化生物学的进化树作图软件，常用于进化树的美化，可以设置颜色、名称、样式等参数。官网如下：

FigTreehttp://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/

一、Figtree的安装

进入figtree的官网后，点击下图箭头标注的地方

 然后跳转到另一个页面，下载安装包后，正常流程安装软件

 需要注意的一点是，figtree需要在java环境下才能安装使用

二、Figtree的使用

打开软件后，页面如下，点击File→Open，打开自己的树文件，比如TREEFILE文件、Newick等，这些都是mega打不开的

这里改变树的形状

分别是节点选择，分支选择，物种文字选择。选择不同选项后再去点击进化树会选中相应的区域。

定义树根，也就是可以把自己的外类群单独分出来

 调换分支顺序

改变分支颜色

 

改变分支区域颜色

改变树的宽窄、改变分支间距离

 改变树根长短、改变转角弧度

 选择物种标签是否对齐，但是是虚线对齐，很丑

选择分支线条粗细

 改变梯子形状、分支长短。调整分支长度可以实线对齐

调整时间轴

 调整物种名显示

节点的显示方法

分支标签的显示

打开树的CONTREE文件，选如下选项，可以显示出ML树的支持率

调整比例尺、调整比例尺基准

 

 

输出图像，就完成啦