代谢物表达值做关系网络图（cytoscape）_如何在ncbi中查找代谢物改变

作者：码创造者 | 2024-08-05 08:09:50

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如何在ncbi中查找代谢物改变

老师给了一份代谢数据，但是没有给网络关系文件，并且是第一次用cytoscape，记录一下流程：

1：数据缩略，其中绿色和红色是老师根据foldchange调的颜色，黄色是因为“；”前后两个代谢物在pubchem中ID一致并且

p值FC值趋势一致，所以两个代谢物放到了一起

2：ID查找：

有一些pubChem ID没有结果，可以在pubChem官网直接搜索：

3：

pubChem和kegg_id以及SMILES补全后到这个网站查询关系：

页面有sample文件下载，按照格式传上去，下载

这两个文件，注意：node里面的fold_change可能会有错误，另：pubChem_id重复时候计算不出来这两个文件需要注意。

sif文件是网络关系，tsv文件是node信息

4：cytoscape作图：

这个是老师的要求：

cytoscape下载下来后安装过程中java报错，可能需要卸掉系统原来的java安装重新安装配套的java版本，懒得重装，就直接用了同事的cytoscape包，操作说明按照这个博主的来：

完成结果：

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