单细胞测序数据分析（3）- cell ranger的下载和使用-学习笔记_cellranger

参考：
单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探

接下来就是用 cell ranger 软件进行分析，但是有一个前提，需要我们注意，系统性能要非常好，一般不太需要我们去做，很多文章都说这儿只需要了解一下，知道大概流程就行。

系统要求：
Linux 至少8核
CPU(推荐16核)64GB 
RAM(推荐128GB)，最低配的64G，允许cellranger aggr合并最多250k个细胞
1T硬盘
64-bit CentOS/RedHat 6.0 or Ubuntu 12.04
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cell ranger 软件分为下面四大部分：
cellranger mkfastq ： 它借鉴了Illumina的bcl2fastq ，可以将一个或多个lane中的混样测序样本按照index标签生成样本对应的fastq文件

cellranger count ：利用mkfastq生成的fq文件，进行比对(基于STAR)、过滤、UMI计数。利用细胞的barcode生成gene-barcode矩阵，然后进行样本分群、基因表达分析

cellranger aggr ：接受cellranger count的输出数据，将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起，比如tumor组原来有4个样本，PBMC组有两个样本，现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC