matlab聚类热图,不用 R 语言，学会这两招，科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制...

想必大家对聚类热图 Heatmap 并不陌生，聚类热图是我们展示基因芯片或测序结果比较常用的方式，可以直观地反映样品间的相似程度。

根据基因在各个样本中的表达量绘制的聚类热图，用颜色深浅来代表基因表达量高低。

目前绘制热图的工具很多，像 MATLAB 、MeV (Multiple ExperimentViewer)、GraphPad Prism、R 语言的 Heatmap 等等。

今天介绍两种简单的工具 ——Excel和 HeatmapIllustrator，助你绘制想要的热图。

图中每一列代表一个样本，每一行代表一个基因在不同样本中的表达程度

一、利用 Excel「条件格式」——「色阶」功能制作热图

1. 首先在 Excel 中输入自己的原始数据，像下图。

2.选中所有数据，在顶端目录中选择「条件格式」中的「色阶」的「其他规则」。

3.基于样式选择「三色刻度」，之前的样本是数字，所以对应的类型栏中都改为「数字」，由于原始数据都在 0 - 10 之间，可以将「最小值」，「中间值」和「最大值」设置为 0，5，10。

颜色设置可以随意选，但是建议深浅适宜。

4.于是得到这样。

5.选中数据，鼠标右键选择「设置单元格格式」，「自定义」将类型改为「#，」去掉样本数值，便得到如下简单的热图。

二、利用 Heatmap Illustrator 工具制作热图

Heatmap Illustrator 简称 Heml，功能主要就是绘制热图。

PS：下载软件网址为 http://hemi.biocuckoo.org/down.php，提供 windows/Linux/Mac 版本，点击直接下载。

Heatmap Illustrator 主页面

1.下载后打开界面如下图。

2.点击 File-Load 将原始数据 txt 或 Excel 版本导入，选择 Select All 所有数据默认是不显示 X 轴和 Y 轴标题的，如果需要，可以指定哪一行是 x 轴，哪一列是 y 轴。

3.先点击 DEMO，选择喜欢的色系和展现形式，目前 Heatmap Illustrator 有以下几种展现形式。

4.若以第一种展现形式，我们来导入原始数据，数据和之前的 Excel 作图是一样的，导入数据后点击 Finish，自动生成热图如下，相同的数据做出来的效果图看着是不是比 Excel 高端大气上档次？

当然我们现在就可以自由的修改这个 heatmap 了，包括 X 轴，Y 轴，字体，整个图片旋转，边距等等，基本的需求都能满足，记住每次修改后都需要点击 REFRESH 进行刷新喔。

是不是感觉热图的绘制很简单，有木有？

当然绘制入门不难，关键是审美和细节的把控，对 Heatmap Illustrator 感兴趣的同学可以阅读下面 PLoS ONE 的论文，未来有机会一起学习更高阶的热图绘制喔。

图片来源：作者提供