（重置青春版）结合在线网站wget批量下载单/多类疾病的多个样本GEO矩阵数据_怎样在geo数据库批量下载数据

一、什么是wget？

一个妇孺皆知的，强大的下载工具不过多介绍了，小白可参考之前发布的批量下载原始数据那篇文章，这篇主要是一个病种多个GEO数据的下载。

亲测，2000个样本，10分钟整理完，然后下载拼网速

二、整理list文件

2.1在线网站查找并确定gse号

在这里以非小细胞肺癌（NSCLC）为例，在一站式GEO数据分析平台中检索NSCLC，同时后续需要到生存数据，勾选上。

可以点进去查看大概信息，这里仅作前期准备，数据我们到GEO去下载！！！
这里以GSE53882为例

2.2处理GSE号

在GEO中检索相应GSE号，复制矩阵文件下载链接

新建一个excel表格
模板：将下载地址复制过来，这边需要下载20个，向下填充复制20行
GSE号：将2.1检索到的GSE号输入进去，可以先输入数字再用&在前面加上"GSE"
GSEnnn：= LEFT(B2,LEN(B2)-3)&“nnn”，将后三个字符替换成nnn，向下填充
结果：=“https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/”&C2&“/”&B2&“/matrix/”&B2&“_series_matrix.txt.gz”，将GSEnnn和GSE号替换掉，向下填充
下载地址：（强迫症）把结果列复制仅文字粘贴出来

2.3整理下载列表

新建一个文本，将下载地址一个一行复制粘贴进去，命名为NSCLC.txt

三、下载与解压

3.1.1 linux端下载

wget -c -i NSCLC.txt

1. -c 断点下载
2. -i 下载列表文件内链接

3.1.2解压

gunzip *.gz

即可得到所有矩阵文件了

3.2.1 windows端下载

wget for windows下载链接：https://eternallybored.org/misc/wget/
选64位，可以选最新版本然后！！！
下载exe文件的直接复制粘贴到C:\Windows\System32目录下，zip也须在C:\Windows\System32下解压，因为wget也是需要权限的

win+R后输入cmd

这里在桌面创建了一个文件夹命名NSCLC，放入list文件，下载命令一样

3.2.2解压
解压就解压就行了