当前位置:   article > 正文

AlphaFold3网页服务器的使用_alphafold3网站

alphafold3网站


前言

AlphaFold3发布了,虽然还没开源,但服务器版本的已经可用了。下面是我的try。


一、网址与登录

AlphaFold3的服务器网址:
https://golgi.sandbox.google.com/

登陆的时候需要用谷歌的账号。

二、复合物结构预测

1.蛋白-金属离子

支持的金属离子有Mg、Zn、Cl、Ca、Na、Mn、K、Fe、Cu、Co,这十种金属离子。
我以4R59为例,它结合的金属离子是锌:
输入protein的序列,然后点Add Entity,选Ion
请添加图片描述
点continue and preview,过一会儿就会有结果了:

在这里插入图片描述
上面标记的颜色表示预测的结构的置信度,蓝色最好,橙色最差
左边的是一个误差矩阵,越绿预测的越好
在这里插入图片描述
我把预测的结构和晶体结构align了,得到的RMSD是0.113,这个结果是非常不错的,金属位点基本重合。(当然可能是这个结构也在训练集里)

2.蛋白-小分子

和金属离子不一样的是选Ligand,服务器只支持十九种配体,它们分别是ADP、ATP、AMP、GTP、GDP、FAD、NAD、NAP、NDP、HEM、HEC、PLM、OLA、MYR、CIT、CLA、CHL、BCL、BCB
在这里插入图片描述

3.蛋白-核酸

DNA支持的也是序列作为输入:
请添加图片描述
RNA支持的也是序列作为输入:
请添加图片描述

4.对于非标准氨基酸和核酸

对于非标准氨基酸和核酸进行处理的时候,点红色的地方:
在这里插入图片描述
然后出现下面界面,点要修改的氨基酸:
在这里插入图片描述
然后比如这里的S,可以改成NAG,然后点save就好。
DNA有Reverse和Modification的操作,RNA只有Modification。

三、参数

1.copies

在这里插入图片描述
对于多聚体,通过设置这里的copies进行结构的构建,比如对一个五聚的蛋白,将copies设置为5,则会得到:
在这里插入图片描述

2.seed

在这里插入图片描述
seed是一个初始的种子,不同的设置可得到不同的结构,比如下面对seed分别设置为随机、1、2、3和100:

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
可以看到这里得到的结构金属中心是不同的,核酸的位置也有比较大的差异,但seed也不是设置得越大越好,这里2和100的结果接近,但100会耗费更多时间,因此具体设置还要根据需要的结构的特点。


总结

目前的网页服务器,每天一个账号只能提交20条任务,还挺少的,得珍惜着使用。
期待之后开源的AlphaFold3。

声明:本文内容由网友自发贡献,不代表【wpsshop博客】立场,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有侵权的内容,请联系我们。转载请注明出处:https://www.wpsshop.cn/w/Gausst松鼠会/article/detail/733599
推荐阅读
相关标签
  

闽ICP备14008679号