AlphaFold3网页服务器的使用_alphafold3网站

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前言

AlphaFold3发布了，虽然还没开源，但服务器版本的已经可用了。下面是我的try。

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一、网址与登录

AlphaFold3的服务器网址：
https://golgi.sandbox.google.com/

登陆的时候需要用谷歌的账号。

二、复合物结构预测

1.蛋白-金属离子

支持的金属离子有Mg、Zn、Cl、Ca、Na、Mn、K、Fe、Cu、Co，这十种金属离子。
我以4R59为例，它结合的金属离子是锌：
输入protein的序列，然后点Add Entity，选Ion

点continue and preview，过一会儿就会有结果了：

上面标记的颜色表示预测的结构的置信度，蓝色最好，橙色最差
左边的是一个误差矩阵，越绿预测的越好

我把预测的结构和晶体结构align了，得到的RMSD是0.113，这个结果是非常不错的，金属位点基本重合。（当然可能是这个结构也在训练集里）

2.蛋白-小分子

和金属离子不一样的是选Ligand，服务器只支持十九种配体，它们分别是ADP、ATP、AMP、GTP、GDP、FAD、NAD、NAP、NDP、HEM、HEC、PLM、OLA、MYR、CIT、CLA、CHL、BCL、BCB

3.蛋白-核酸

DNA支持的也是序列作为输入：

RNA支持的也是序列作为输入：

4.对于非标准氨基酸和核酸

对于非标准氨基酸和核酸进行处理的时候，点红色的地方：

然后出现下面界面，点要修改的氨基酸：

然后比如这里的S，可以改成NAG，然后点save就好。
DNA有Reverse和Modification的操作，RNA只有Modification。

三、参数

1.copies

对于多聚体，通过设置这里的copies进行结构的构建，比如对一个五聚的蛋白，将copies设置为5，则会得到：

2.seed

seed是一个初始的种子，不同的设置可得到不同的结构，比如下面对seed分别设置为随机、1、2、3和100：

可以看到这里得到的结构金属中心是不同的，核酸的位置也有比较大的差异，但seed也不是设置得越大越好，这里2和100的结果接近，但100会耗费更多时间，因此具体设置还要根据需要的结构的特点。

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总结

目前的网页服务器，每天一个账号只能提交20条任务，还挺少的，得珍惜着使用。
期待之后开源的AlphaFold3。