【脑神经软件安装记录】Ubuntu18.04、MRtrix3、fsl安装记录_mrtrix、fsl

        作为我的第一篇博客，记录一下最近的学习。

        讲道理不过是软件的安装而已，但是因为英语水平不足，看官网的指示看不懂以及对虚拟机的各种不熟悉，虚拟机来来回回装了七八次，Mrtrix3的安装耽误了大半个月，记录下菜鸟的学习记录，方便后来的人的学习以及自己的复习。

        一、虚拟机软件VMware和Ubuntu的安装

              VM资源及安装教程：VMware 15 pro资源及安装教程 [按部就班操作即可]

              Ubuntu的安装：Ubuntu的安装[链接里给的是16.04.3版本的Ubuntu的镜像文件，安装不同版本的Ubuntu只需要换镜像文件即可]

              到这里没什么坑

        二、MRtrix3的安装

1. MRtrix3安装之前，需要安装一些预备的项，如C++11、Python等等，在MRtrix3官网安装页下面，有Linux系统的安装指令，如图所示：

   

   这种安装方式，在terminal种输入这行代码批量安装后，继续按照官网指令往下走的时候，terminal会提示缺少Qt，这个时候再去Qt官网下载对应版本的Qt（下载速度非常慢），Qt下载安装好后，终于满足了MR的安装条件，在./configure又会因为Qt的路径问题，提示Qt not found，以及在./build的时候，又会各种报错，差不多就是这里，心态被搞崩了好几次。

2. 推荐使用conda/miniconda安装MRtirx3，方法简单，只需要输入简单的指令就可以了。具体的方法如链接所示：使用conda安装MRtrix3，第一步，根据刚刚打开的网址指示安装conda/miniconda

   

   推荐选择miniconda，文件小，指令够用。根据系统的位数选择linux系统下的miniconda，下载速度还行

   

   下载完miniconda后，需要在下载的文件夹目录下打开terminal，并输入如下内容：

   bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   

   

   完成miniconda的配置，重新打开一个terminal后输入conda即可检查是否安装好。

3. 第二步使用conda指令安装MRtrix3，依据官网安装指示，依次输入代码：

   conda install -c mrtrix3 mrtrix3
   

   conda update -c mrtrix3 mrtrix3
   

    

4. 两个指令分别运行完后，在terminal中输入mrview，能够打开软件，说明安装成功了，如图。

   

   这一部分的安装，摸索了好一会，参考了部分前辈写的博客：前辈博客链接

        三、fsl的安装

1. 关于fsl的安装，主要参考了另一位前辈的博客：另一位前辈的博客
2. 照博客的思路，安装基本没有什么问题。我之前试过各种其他的安装方法，比如在fsl官网下载的.py文件，用python安装（4G的文件，大概装半小时装个1%就开始报错，报5次左右的错后直接结束进程）或者把链接放到百度云离线下载后拷贝到ubuntu（下载时间特别久），试了很久，也浪费了好多时间，最后还是按照刚刚这个博客装好的。
3. 关于博客中提到的，需要使用：

   apt-get install fsl
   

   才能安装fsl，而不是官网给出的代码：

   apt-get install fsl-complete
   

   其实在我反复安装卸载的三四次里，这两种代码我都用过，也都成功过。有的时候，选择only software安装不成功时，改为all software又可以了，反正挺玄学的。

4. 需要注意的是，下载好后不配置环境的话fsl仍然是打不开的。

5. 即使安装好了fsl，在terminal中输入fsl可以打开软件，但是输入eddy -h仍然显示没有安装，不知道为什么，我的显示如下：

   

   师兄说，我的这样说明fsl还是没装好，因此我反复卸了又装装了好几次，尝试了多种方法，还是没成功，很苦恼，不知道问题出在哪里。师兄说安装好的应该是下图这样的：

   

    

        有人会的话，并且恰巧看到这篇博客，希望能给我一个解答，谢谢​