Semibin2 GTDB 路径手动配置

如何下载解压请参考：Semibin2 GTDB 下载解压

找到以下文件

/your_path/anaconda3/envs/semibin/lib/python3.12/site-packages/SemiBin/main.py
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在 main.py 里的这部分代码的default 替换成你自己的 gtdb 的路径即可，当然，你也可以用参数输入对应的路径

for p in [single_easy_bin, multi_easy_bin, generate_cannot_links, download_GTDB]:
        p.add_argument('-r', '--reference-db-data-dir', '--reference-db',
                            required=False,
                            help='GTDB reference storage path. (Default: $HOME/.cache/SemiBin/mmseqs2-GTDB).'
                            'If not set --reference-db and SemiBin cannot find GTDB in $HOME/.cache/SemiBin/mmseqs2-GTDB, SemiBin will download GTDB (Note that >100GB of disk space are required).',
                            dest='GTDB_reference',
                            metavar='',
                            default='/your_semibin_gtdb_path')
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文件目录层级

将解压后的文件放到一个文件夹里，default 里填写这个文件夹的绝对路径