JET毛选学习笔记：如何利用《矛盾论》从做实验到做科研vol. 3

上一节讲了矛盾的同一性和斗争性，分享了一些自己关于“对立统一”的“暴论”。这一节，来分享的内容是主要矛盾和次要矛盾。

六、主要矛盾和次要矛盾

马列主义毛泽东思想教育下的我们，对两个概念应该很熟悉啦，不过大多是知其然不知其所以然。来看看原文的相关描述：“在复杂的事物的发展过程中，有许多的矛盾存在，其中必有一种是主要的矛盾，由于它的存在和发展规定或影响着其他矛盾的存在和发展。”

说的挺清楚了，我们在复习一遍：在复杂事物中包含多个矛盾，它们的地位和作用是不平衡的。其中，必有一个矛盾处于支配地位，对事物的发展起决定作用，这个矛盾就是主要矛盾。其余的就是次要矛盾，次要矛盾是处于服从地位的矛盾。

大家可能会有疑问：真的就只有一个主要矛盾么？回答是：没错，在一个时间段，有且只有一个主要矛盾。有鸡贼的同学可能看出了这句话的另一个含义：那就是主要矛盾是会变的，所以才会说在某一个具体的时间段。也就是上一节我们说的，在特定条件下，矛盾之间会相互转换，以前的主要矛盾会转变成次要矛盾，以前的次要矛盾会转变成主要矛盾。

那有什么用呢？教员说：“因此，研究任何过程，如果是存在着两个以上矛盾的复杂过程的话，就要用全力找出它的主要矛盾。捉住了这个主要矛盾，一切问题就迎刃而解了。”所以，我们在研究如何解决问题前，需要进行矛盾分析，找出主要矛盾，然后才是针对主要矛盾去制定解决方案。当然，具体到某个主要矛盾的时候，它本身又可以进行拆分，也就是第二个重要概念：矛盾的主要方面。

矛盾的主要方面是指在一个矛盾的两个方面中，它们的地位和作用是不平衡的。其中处于支配地位，决定事物性质的矛盾方面，叫做矛盾的主要方面。处于被支配地位的，就叫做矛盾的次要方面。

到这里，方法论应该清晰了：梳理出主要矛盾和次要矛盾，再判断出主要矛盾的主要方面。然后集中优势兵力，解决主要矛盾，那么，其他的问题都迎刃而解（或者是在解决下一个主要矛盾）。大家是不是觉得这我都懂，那你们高兴的太早了，还没完：抓住主要矛盾的同时，也是兼顾次要矛盾。为啥？因为在特定条件下，矛盾会相互转换滴。

好了，概念介绍完了，开始逐点解析（侃大山）：

（一）抓住主要矛盾

还记得上上节举的案例不？王五童鞋的困惑：

同时安排多个实验，一个实验多个分组，刷刷刷，便产出了几百兆的数据，分析发现数据质量不太行，组间组内差距都挺大。

看了上面的理论，再看这个案例，大家看出问题了不？那就是同一个时间段内，该童鞋觉得所有实验都是主要矛盾，也就是“所有方向都是主攻方向”，人呐，精力是有限的，这么搞不就大脑过载了。写到这，想到之前一个大佬在介绍PPT经验的实验说过：“有些同志啊，PPT上的字体70%都标红了，全是重点那就是没有重点”，好像有点异曲同工？

按照惯例，我继续举自己做科研的栗子吧：之前说的从可变剪切的角度探索真菌与巨噬细胞悖论的分子机制。

（1）主要矛盾：可变剪切的理解和检测

很好理解，要研究可变剪切，你得知道它是啥？有什么作用？如何检测？需要做什么实验？这就是现阶段的主要矛盾。解决办法就是调查咯，去看文献，看公众号，问大预言模型，互联网时代如何高效收集信息也是一种能力。广泛地阅读后，开始进行共性的抽象分析：可变剪切发生在转录后，前体mRNA会被剪短或者增长，从而影响最终翻译成的蛋白功能，普通的RNA-seq测序就能分析。

此时，第一个主要矛盾基本解决，然后衍生出第二个主要矛盾：RNA-seq测序的生信分析我不会。解决方案就是去找大佬求助咯（懒得学了）。幸运的是，大佬帮我分析好了，直接把结果数据打包发了给我。

（2）主要矛盾：关键可变剪切体的筛选

拿到数据后，第三个主要矛盾出现了：我不会看结果。也不好老是打扰大佬，就开始自己学1-2周，当然，在学习过程中，我也是有特定目标的：如何高效筛选出发挥关键作用的可变剪切体及其调节因子？紧紧围绕这个目标折腾出自己的思路和理解以后，去找大佬讨论，进一步把目标定到了可变剪切体NCOR2-013。

这一步很容易掉到生信数据的海洋中迷失自我。做过生信分析的童鞋应该知道，该方法是毕业论文凑字数的好方法，差异分析、通路富集等各种算法就能展示出好多个图，性价比极高。但是对于不太熟悉的童鞋来说，就容易陷进去，因为图表太多了，一时半会又看不懂，便无从下手。此时，一定要紧紧抓住主要矛盾，你要解决什么问题？然后针对性的去制定筛选策略即可。

比如我要找与真菌-巨噬细胞互作相关的可变剪切体，初步设想是真菌利用这个可变剪切体抑制巨噬细胞的杀伤作用。那么我们可以这么去思考：可变剪切吧，有很多类型，但是有一种是最常见的，就是把原本的mRNA剪短了，mRNA短了，翻译出来的蛋白也就少了点区域，那是不是会影响原本蛋白的功能，从而影响巨噬细胞的功能呢？因此，我们的最终目的又更加具象化了：那就是通过某种策略，找到某个因子，它的mRNA被截短了。然后呢，再加一层码，最好是这种可变剪切体，本来没有，加了真菌才会出现，是不是意义更大？按照这个思路，我们最终找出了NCOR2-013。至于那些什么差异可变剪切基因富集的GO图、KEGG图、GSEA图，基本不会看。

通过上面的折腾，我们确定了研究的重点：NCOR2-013。再啰嗦几句，其实这一步非常重要，但是很多童鞋会忽视。做文献汇报的时候，我最喜欢问的问题就是：作者为什么研究这个因子？是用什么策略筛选和鉴定出来的？一般高质量的文章，它的第一步都是用某种很奇特的策略去找出最关键的因子来研究，其实就是去找主要矛盾。而不是这会焦亡热点，就去跑焦亡因子，那会铁死亡热点，就去跑铁死亡因子，不是说不行，但这种脱离主要矛盾的追逐吧，一个是很累，一个是风险很大（一个热点的周期5年左右，你确定你能追得上）。只有锚定了主要的科学问题，设计某些合适的策略去做筛选，如果该因子是热点，那是最好，如果不是，那也无妨，重点在于解决主要的科学问题。而且啊，基于你的主要科学问题筛选出来的因子或者因子集，说不定就是下次热点的关键因子呢，那不是赚大了（不是的话也不亏嘛），以不变应万变，才能始终掌握主动权。

（3）主要矛盾：科学假设

找到了关键因子NCOR2-013，下一个主要矛盾就是抽象出科学假设了。一般来说，我这领域的科学假设都可以抽象为：A——B——C，比如我的这个：A是病原体，C是巨噬细胞杀菌能力，B就是NCOR2-013，翻译过来就是A通过B实现C。证明过程应该也简单吧，控制变量法：变化A，检测B和C；变化B，检测C；注意哈，到这里还不能证明A通过B实现C，有可能A直接实现C，因此，还需要最后一步：把B损毁，改变A，C没变化（变化少了）。

回到我们的例子，科学假设就是：真菌（A）通过NCOR-013（B）降低巨噬细胞的杀菌能力（C）。其中C还可以扩展：巨噬细胞生产炎症因子的水平，因为大家都默认炎症因子高了，巨噬细胞的杀菌能力也强了（其实不太严谨哈）。

（4）主要矛盾：表型实验

就上面这个假设，大家觉得应该怎么设计实验呢？哪个实验最重要？部分同学吧，估计就是把真菌与巨噬细胞共培养，做了MOI和时间依赖性，提RNA，PCR检测NCOR2-013、细胞因子的表达，其实就是变化A，检测B和C。

但是吧，这貌似不是最重要的。真菌加进去后，NCOR2-013上调确实是得验证，但是这是基于RNA-seq筛选出来的，可信度其实还可以的，实在不放心，可以简单验证，注意我说的是简单验证，即是说只需要做一个时间点一个MOI即可。

最重要的是什么呢？那就是NCOR2-013跟巨噬细胞的杀菌能力是不是因果关系？如果人为提高或者降低NCOR2-013，巨噬细胞的杀菌能力都没有变化，那再做其他实验有何意义呢？因此，表型实验一般都是优先级最高的。啥是表型呢？在证据链最末尾那个元素一般就是，可以理解为最后要落地的东西。

不抓住主要矛盾，就是一顿操作猛如虎，一看战绩零杠五，钱也花了，时间也费了，最后的结果还不好，循环来几次，是个正常人也会emo。所以，有些童鞋做实验很勤快，996、007，但是进度缓慢的，可以从方法论上思考一下。我一直跟我们组的学生强调，不要一直埋头做实验，要经常跳出来多想，多思考，看看方向有没有错。又要拿出那句话了：战术的勤奋弥补不了战略的懒惰。

（5）主要矛盾：迭代假设

已经打通了A——B——C，即真菌通过NCOR2-013抑制巨噬细胞杀菌功能。那么就继续迭代假设，很简单，那就是：

① A如何打通B，即A——D（机制）——B，上游机制；

② B如何打通C，即B——E（机制）——C，下游机制；

这样，又可以拆分出新的“A——B——C”模式，那么，主要矛盾就在于：如何设计一些科学的策略去找出可能的机制？也就是我们第一步是如何找出NCOR2-013的，道理类似。

找到以后，假设得到迭代，那么，就进行实验的论证，方法同上。

以上，就是“抓住主要矛盾”在科研和实验中的重要作用，分析和抓住了它，过程会顺利很多，亲测有效。然而，仅仅抓住主要矛盾就行了嘛，肯定不行，同时还得兼顾次要矛盾。

（二）抓住主要矛盾，兼顾次要矛盾

任何东西走极端都是不好的，解决矛盾也是的。因为矛盾也是会发展的，如果仅仅关注主要矛盾，其他次要矛盾完全不管了，等到把主要矛盾解决（甚至都没解决），次要矛盾激化爆发成主要矛盾，局面就会很糟糕。

拿上面的例子来说吧，比如当前的主要矛盾是验证NCOR2-013与巨噬细胞抗菌能力的关系，那我们在集中精力做这个实验的时候，可以花点时间去研究：解决完这个问题后，用什么策略去解决下一个问题（也就是如何找NCOR2-013抑制巨噬细胞抗菌能力的具体机制），这就需要一种预判能力。

好处是什么呢？假如你把所有精力都放在主要矛盾的实验验证，不考虑后续，那么，一旦你解决完当前的问题。就会出现空档期，因为你完全不懂后面需要怎么做，时间就是这么浪费的。为什么有些童鞋做实验效率很高，因为他们的实验一个接着一个，丝滑链接，包括买试剂的时间都会算进去，安排的明明白白。所以，“抓住主要矛盾，兼顾次要矛盾”其实锻炼的是一种全局观，是一种以发展的眼光看问题的能力，具体我在“两种宇宙观”的时候再详细聊。

对此，教员也打过比方，干工作要十个指头弹钢琴：“弹钢琴要十个指头都动作，不能有的动，有的不动。但是，十个指头同时都按下去，那也不成调子。要产生好的音乐，十个指头的动作要有节奏，要互相配合。党委要抓紧中心工作，又要围绕中心工作而同时开展其他方面的工作。我们现在管的方面很多，各地、各军、各部门的工作，都要照顾到，不能只注意一部分问题而把别的丢掉。凡是有问题的地方都要点一下，这个方法我们一定要学会。钢琴有人弹得好，有人弹得不好，这两种人弹出来的调子差别很大。党委的同志必须学好“弹钢琴”。”

（三）如何找到主要矛盾

很多童鞋反馈哦，道理都懂，实践起来不懂从哪里开始。比如，找关键因子，什么策略，什么方法，一头雾水。

其实，方法也很简单，那就是：调查研究和实践。只有深入进去，有这方面的实践经验，而且还有意识去调查了解它各方面的联系，慢慢进行梳理，才能摸清什么因素是最关键的，它就是主要矛盾。

比如说，不懂找关键因子的策略和方法，那大概率是因为背景知识缺乏。解决方法也不难，找类似的文献，看看别人是怎么找的，抽象出共同点。针对用到的具体实验，去了解和掌握它的基本原理，搞清楚为什么能够基于这个原理实现筛选的目的，又如何用到你自己的实验。这些工作肯定是费时费力的，但是吧，要有这种认识：解决问题的方法不是拍脑袋想出来的，是在详细的调查研究中逐渐浮出水面的。躺在宿舍刷抖音，那永远也不会，即使给你抄作业也抄不明白。

这点教员在《反对本本主义》一文中重点阐述，那些著名论断都出自此篇：“没有调查就没有发言权”、“调查就是解决问题”，后续有机会再聊聊吧。

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好啦，主要矛盾和次要矛盾这部分就分享到这里，最后还剩下两种宇宙观（世界观），其实是一个很宏大的命题，感觉我hold不住，尽力而为吧。