R语言与数据分析（6）-R包的安装

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在Genetics的子分类下面提供了R包

对于生物数据而言，Bioconductor这个包比较重要，用来处理生物数据，而且是R的作者之一开发的

• 我们可以看出R的这么多扩展包极大地扩展了R的功能，使得R可以应用于各行各业，但这么多的扩展包对于新手来说找到合适的扩展包并不容易，因为R包太多了，且很多功能类似，命名也不规范，很多R包的学习比学习R本身还要复杂，这样极大地提高了学习R的成本
• 我们只能先掌握基础R的学习，然后在实践中掌握R的扩展包
• 每一个扩展包相当于手机的一个app，我们可以安装不同的app来扩展系统的功能，只不过R包的安装并不如appstore安装那样容易

R扩展包的安装

R包的安装有两种方式

1.联网的在线安装（推荐，因为可以自动解决包与包之间的依赖关系，绝大部分的包使用一条命令就可以完成）

• 使用函数：install.packages(包的名字)

• 首次使用install.packages()函数会提示选择镜像站点，R官方有一个CRAN站点，不加参数执行该命令将会显示一个CRAN镜像站点的列表，选择其中一个镜像站点即可
  

• 选择之后将会看到所有可用包的列表
  
  R中的字符串一定要加引号，否则会报错
  
  自动下载安装中…
  
  
  有时候镜像站点可能 无法访问，这时候我们需要修改默认的镜像站点
  在线安装会将R包安装到软件默认的目录下，这样调用包更加容易
  .libPaths()函数可以显示库所在的位置
  
  ==library()==不加任何参数可以显示库里面有哪些安装包
  绝大部分R包都可以采取在线安装的方式安装成功，而且可以自动安装需要的依赖包，只有少部分需要自己提前安装好依赖包才能自动安装完成

2.采用源代码安装（Linux）

• 一般在服务器上为了安全，无法访问网络就只能采用源代码安装的方法

• 首先，去R的官方站点或镜像站点下载所需要的R包的源代码
  

• 然后，需要特别注意依赖关系问题，如果提前知道依赖关系，就需要将依赖的包先下载下来，下载之后传到服务器上，可以使用Rcmdinstall命令来进行安装
  

• 安装“ABC Analysis”，这个包需要依赖“plottrix”这个包