FastQC_fastqc命令

软件下载：

http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 下载为一个zip文件；

Linux中安装：

1.unzip对文件解压得到FastQC文件夹

2.打开FastQC文件夹，用chmod u+u fastqc命令，给fastqc这个主程序增加可执行属性

3.命令行运行 fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file]  

e.g: FastQC/fastqc -f fastq -o result/ Arabidopsischipdata/SRR651185.fastq [--(no)extract]

#调用fastqc程序 #输入fastq格式 #输出路径 #数据输入路径 #输出是否解压

4.显示运行过程

5.在输出路径下查看结果文件，其中html文件用浏览器打开显示结果，压缩文件中有各具体数据