R包clusterProfiler如何安装成功

里面有些坑，写篇博客介绍一下。

R包clusterProfiler是生物信息分析汇总，基因富集分析可视化经常用到的R包，但是安装时，新手经常会遇到一些问题，这里简单总结一下。

看重点：正确的安装方式

官网：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html

在R中运行下面命令，安装即可：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")
1
2
3
4

1. 在CRAN中用install.packages()安装

install.packages("clusterProfile")
1

安装报错：

> install.packages("clusterProfile")
(因为‘lib’没有被指定)
Warning in install.packages :
  package ‘clusterProfile’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
> 
1
2
3
4
5
6
7
8
9

报错原因，因为clusterProfile不在CRAN中，所以不能通过install.packages进行安装。

2. 安装bioconductor报错

有时候，知道在bioconductor中，于是还是安装：

install.packages("bioconductor")
1

报错如下：

> install.packages("bioconductor")

(因为‘lib’没有被指定)
Warning in install.packages :
  package ‘bioconductor’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
1
2
3
4
5
6
7
8
9

3. 正确而顺利的安装方法

3.1 安装最新版R

目前是4.2.1，因为R4.2之前的clusterProfiler有bug，kegg联网会报错，新版本没有问题了。

3.2 安装Rtools4.2

这是单机软件，地址：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools42/rtools.html

3.3 配置镜像

在Rstudio中，将下载镜像变为中国的，下载速度会快很多。

3.4 正式安装

在Rstudio中运行安装代码：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")
1
2
3
4

这中间会安装许多依赖包，如果有某个包安装报错了，就单独安装那个包，安装成功后，在运行安装clusterProfiler的代码。

4. 配置建议

• R最新版的R4.2.1
• 安装Rtools（windows系统建议）
• 安装路径不要有中文路径
• 如果电脑用户名是中文的，建议新建一个英文用户名，然后登录安装
• 配置镜像，提升安装速度