易基因｜新品：新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序（cfDNA-RBS）_cfdna包含pbmc吗

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

游离DNA（Circulating free DNA，cfDNA），是人体组织释放到血液等循环体系中的降解的DNA片段，是一种新型的肿瘤分子标志物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，ctDNA甲基化是重要的表观学修饰之一，可以在不改变基因序列的情况下，改变遗传表现，从而控制基因的表达。基因甲基化发生是癌症发生的重要机制，相当于调控基因表达的“开关”，其稳定性和一致性较好，因此ctDNA甲基化是癌症肿瘤标志物筛查的理想手段。

肿瘤的组织起源决定了其组织特异性的DNA甲基化模式：

（1）血浆中cfDNA包含来自机体各个组织器官凋亡细胞释放的DNA。

（2）肿瘤细胞释放的cfDNA比正常组织细胞更高。

肿瘤的表观遗传标志物

一、cfDNA甲基化检测技术瓶颈：

对于cfDNA等相对微量且片段化十分严重的样本，常用甲基化检测主要包括cfMeDIP，微量WGBS技术。应用RRBS检测的CG位点极为有限，主要原因cfDNA自身就在选择片段范围之内，如果片段内CG含量高被酶切，反而更短不被富集，因此可能检测到的都是CG含量低的区域片段。

追踪肿瘤的DNA甲基化模式

二、易基因cfDNA-RBS亮点：

为助力低样本量多维度分析，易基因开发了富集覆盖CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点的cfDNA甲基化测序方法——cfDNA-RBS，实现了高灵敏度和样本复用，使其具有高度可扩展性，并适用于有限的样本和单个细胞。

易基因建立的cfDNA-RBS技术，仅需10-15G测序数据，DNA建库起始量低至5ng的cfDNA样本，可以检测到的5X位点高达4M以上，是目前肿瘤甲基化标志物检测研究的优选技术，应用场景包括肿瘤早筛、肿瘤诊断、个性化用药、实时监控、预后监测等。

1. 癌前病变的癌变预警标志物检测
2. 肿瘤早期筛查标志物检测
3. 肿瘤预后标志物检测
4. 药物疗效预测标志物检测

WGBS、cfDNA-RBS、RRBS技术位点覆盖对比

三、技术优势：

易基因科技在DNA甲基化修饰等表观遗传检测领域，积累了一系列国际先进技术，可对高通量DNA甲基化组学研究，包括单细胞、微量和常量DNA甲基化测序，ctDNA、FFPE等严重降解痕量DNA甲基化检测等，提供多种有效解决方案。低成本、高通量的DNA甲基化组学测序技术建立，将为研究者对不同时间和空间的表观修饰研究奠定基础。

1）微量细胞或单细胞全基因组甲基化测序（Micro DNA-WGBS）DNA起始量：

单细胞/100-1000个细胞

1ng基因组DNA

90%以上基因组CG覆盖

2）微量细胞或DNA简化基因组甲基化测序（Micro DNA-RRBS）DNA起始量：

1ng基因组DNA；

10-20M有效CG位点覆盖；

10-20G测序数据量；

3）微量cfDNA简化基因组甲基化测序（cfDNA-RBS）

100ul血浆或1ng cfDNA

10M有效CG位点覆盖

15-20G测序数据量

四、cfDNA-RBS信息分析

易基因建立的cfDNA-RBS技术，可基于CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点等区域，实现单碱基分辨率的甲基化位点精准定位，快速准确地找到差异位点，实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。

五、不同DNA甲基化检测技术指标比较

不同DNA甲基化检测技术CG位点比较

六、cfDNA甲基化临床研究技术选择推荐

cfDNA甲基化临床研究技术选择推荐

*考虑因素：样本类型（DNA含量与完整性）、经费、 期望检测范围、样本异质性等。

七、关于易基因：

专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务

易基因技术团队在国际上首创LHC-BS、HMST-seq、ChIP-BS、cfDNA-TBS等甲基化、羟甲基化技术流程，研发建立简化基因组甲基化dRRBS、cfDNA-RBS，单细胞/微量DNA全基因组甲基化及简化高通量甲基化测序技术，RNA甲基化测序等技术和方法，，并建立易基因科技全自动化弹性资源生信分析系统。在Nature、Lancet、Science、Nat Commun、Cell Res、Genome Biol、Blood、PloS Genet、Epigenetics、Epigenomics、Clin Epigenetic等著名期刊发表论文近100篇，申请发明专利12项、软件著作权27项。

 

近期热点：

1. Nature | 易基因DNA甲基化测序助力人多能干细胞向胚胎全能8细胞的人工诱导
2. 基于cfDNA甲基化的肿瘤液体活检如何开展？
3. 全基因组cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌无创诊断成像的准确性
4. 3文一览：基于cfDNA甲基化的液体活检在胰腺疾病中的研究进展

新品：新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序（cfDNA-RBS）​mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNTY3NDIxMw==&mid=2650650303&idx=1&sn=78af2acbaa33f1fae4aeb5db84ea82db&chksm=83101335b4679a23d69ef0bfd843f9520231e56204d375fe5e56bdd4e466b913b70271dccc8e&token=1313364995&lang=zh_CN#rd正在上传…重新上传取消https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__biz%3DMzAwNTY3NDIxMw%3D%3D%26mid%3D2650650303%26idx%3D1%26sn%3D78af2acbaa33f1fae4aeb5db84ea82db%26chksm%3D83101335b4679a23d69ef0bfd843f9520231e56204d375fe5e56bdd4e466b913b70271dccc8e%26token%3D1313364995%26lang%3Dzh_CN%23rd