PubChem的Python接口PubChemPy

PubChem

PubChem，即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库，由美国国家健康研究院（ US National Institutes of Health，NIH）支持，美国国家生物技术信息中心负责维护。

PubChem数据库包括 3个子数据库： PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据，实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献； PubChem Compound 库用于存储整理后的化合物化学结构信息； PubChem Substance 用于存储机构和个人上传的化合物原始数据。
 

PubChemPy简介

        PubChemPy提供了一种Python与PubChem进行交互的方法。 允许按名称、子结构和相似性进行化学搜索、化学标准化、化学文件格式之间的转换、化学性质的描述和检索。

PubChemPy功能

• 通过名称，SMILES，InChI和SDF搜索PubChem物质和化合物数据库。
• 检索给定输入结构的标准化化合物记录。
• 在SDF，SMILES，InChI，PubChem CID等之间转换。
• 检索计算的属性，指纹和描述符。
• 生成2D和3D坐标。
• 获取给定化合物的IUPAC系统名称，商品名称和所有已知的同义词。
• 将复合记录下载为XML，ASNT / B，JSON，SDF并以PNG图像形式进行描述。
• 使用pandas DataFrames构造属性表。
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